ในการบริหารงานนอกจากจะมีคณะกรรมการบริหาร สำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษาแล้ว สำนักงานยังมีคณะกรรมการอีก 3 คณะ ได้แก่ คณะกรรมการพัฒนาระบบการประเมินคุณภาพการศึกษาขั้นพื้นฐาน คณะกรรมการพัฒนาระบบการประเมินคุณภาพการศึกษาด้านการอาชีวศึกษา และ คณะกรรมการพัฒนาระบบการประเมินคุณภาพการศึกษาระดับอุดมศึกษา ซึ่งคณะกรรมการแต่ละคณะจะมีจำนวนไม่เกิน 11 คน ประกอบด้วย ประธานกรรมการ และกรรมการ ซึ่งแต่งตั้งจากบุคคลที่มีความรู้ ความเชี่ยวชาญทางด้านมนุษยศาสตร์ สังคมศาสตร์ หรือวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี หรือมีประสบการณ์ทางด้านการบริหาร การวัดผล หรือการประเมินผล ทั้งนี้ได้กำหนดให้ผู้อำนวยการ สมศ. เป็นกรรมการและเลขานุการของทั้ง 3 คณะ โดยคณะกรรมการพัฒนาระบบการประเมินคุณภาพการศึกษาขั้นพื้นฐาน คณะกรรมการพัฒนาระบบการประเมินคุณภาพการศึกษาด้านการอาชีวศึกษา และคณะกรรมการพัฒนาระบบการประเมินคุณภาพการศึกษาระดับอุดมศึกษา จะมีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละ 3 ปี และหากพ้นจากวาระแล้วอาจได้รับการแต่งตั้งอีกได้ แต่จะดำรงตำแหน่งติดต่อกันไม่เกิน 2 วาระ

อำนาจหน้าที่
 

1. สนับสนุนงานด้านวิชาการแก่คณะกรรมการบริหาร
2. พัฒนา ปรับปรุงระบบและวิธีการประเมินคุณภาพภายนอก และพัฒนามาตรฐานและเกณฑ์สำหรับการประเมินคุณภาพภายนอกในระดับการศึกษาที่ เกี่ยวข้อง ให้สอดคล้องกับนโยบายของคณะกรรมการบริหาร
3. กำกับการดำเนินการให้มีการรับรองมาตรฐาน และการประเมินคุณภาพการศึกษาของสถานศึกษา ในระดับที่เกี่ยวข้องตามนโยบายของคณะกรรมการบริหาร
4. กระทำการอื่นใดตามที่คณะกรรมการมอบหมาย